Theo quy định Nghị định 06/2019/NĐ-CP Cơ quan khoa học CITES Việt Nam có chức năng, nhiệm vụ sau:

- Tư vấn cho Cơ quan thẩm quyền quản lý CITES Việt Nam, các cơ quan quản lý liên quan khi có yêu cầu về các vấn đề sau:

o Thực trạng quần thể, vùng phân bố, mức độ nguy cấp, quý, hiếm của các loài động vật, thực vật hoang dã nguy cấp trong tự nhiên; xây dựng hạn ngạch khai thác;

o Cấp giấy phép CITES, chứng chỉ CITES xuất khẩu, nhập khẩu, tái xuất khẩu, quá cảnh mẫu vật các loài động vật, thực vật hoang dã nguy cấp thuộc các Phụ lục CITES;

o Tên khoa học các loài động vật, thực vật;

o Giám định mẫu vật động vật, thực vật hoang dã;

o Cứu hộ, chăm sóc mẫu vật sống;

o Sinh cảnh và vùng phân bố phù hợp để thả động vật hoang dã bị tịch thu;

o Nuôi sinh sản, nuôi sinh trưởng, trồng cấy nhân tạo các loài động vật, thực vật hoang dã; thẩm định các dự án về nuôi sinh sản, nuôi sinh trưởng, trồng cấy nhân tạo các loài động vật, thực vật hoang dã;

o Công bố danh mục các loài có khả năng gây nuôi sinh sản vì mục đích thương mại.

- Được Cơ quan thẩm quyền quản lý CITES Việt Nam ủy quyền bằng văn bản để kiểm tra các cơ sở nuôi sinh sản, nuôi sinh trưởng, trồng cấy nhân tạo, các hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu, tái xuất khẩu, nhập nội từ biển và quá cảnh mẫu vật khi cần thiết.

- Tham gia đoàn công tác của Việt Nam trong các cuộc họp, hội nghị, hội thảo quốc tế liên quan đến việc thực thi CITES.

- Soạn thảo tài liệu khoa học, các đề xuất liên quan đến việc thực thi CITES; chuẩn bị các báo cáo kỹ thuật theo yêu cầu của Ban Thư ký CITES; phối hợp với Cơ quan thẩm quyền quản lý CITES Việt Nam và các cơ quan thực thi pháp luật lấy mẫu giám định đối với các mẫu vật khi có yêu cầu.